Учредителем ГБУЗ МО «Наро-Фоминский перинатальный центр» является Московская область. Функции и полномочия Учредителя учреждения от имени Московской области в соответствии с федеральным законодательством и законодательством Московской области осуществляет Министерство Здравоохранения Московской области.